בהתאם להחלטת הממשלה, נערך משרד הביטחון להריסה של למעלה מ - 2,800 מבני מגורים באזור חבל עזה וצפון השומרון ובתוכם בתי כנסת ומקוואות. בתוך כך כ - 40 מבני ציבור בצפון השומרון.
הריסת בתי הכנסת תתבצע במלואה על מנת למנוע חילול המבנים לאחר הפינוי, כל זאת לאחר פינוי תכולתם של בתי הכנסת שתיארז במלואה ברגישות המתחייבת על ידי צוותים מקצועיים מלווים על ידי אנשי משרד הדתות והרבנות הצבאית.
סוגייה זו נדונה בבג"ץ ביום 16 באוגוסט 2005 והחלטת השופטים הקפיאה את ביצוע ההריסה
על מנת לאפשר בחינה של
אפשרויות שימור אלמנטים מהמבנה עצמו לצורך הקמה מחדש של בית הכנסת בעתיד.
ביום 8 בספטמבר 2005 דחה בג"ץ את העתירה והסיר את ההסתייגות להריסת בתי הכנסת כשהשיקול המכריע- למנוע את חילולם. נוכח מחלוקות גוברות והולכות בנושא מצד המימסד הדתי והמדיני כאחד הוחלט להעלות הנושא להחלטה חוזרת של הממשלה.
בדיון ממשלה שהתקיים ביום 11 בספטמבר 2005 הוחלט ברוב גדול להשאיר 19 בתי כנסת בגוש קטיף על כנם. במסגרת ההחלטה סוכם על העתקת ששה בתי כנסת שהנם מבנים יבילים והריסת ששה מבנים אחרים, זאת לאחר שתכולת כל בתי הכנסת הוצאה במלואה ובכלל זאת תשמישי קדושה, הריהוט, ויטראז'ים וכל סממן אחר שהעיד על כך שהמבנה שימש כבית כנסת.
עבודות ההריסה יחלו לאחר השלב של פינוי התושבים מהישוב ולאחר סיום פינוי המיטלטלין מהבתים המיועדים להריסה ואבטחת היישוב על-ידי צה"ל.
לצורך ביצוע עבודות ההריסה בישובים נבחרו במכרז על ידי אגף הבינוי במשרד הביטחון שמונה קבלנים, מתוכם שישה באזור חבל עזה ושניים בצפון השומרון. לכל קבלן זוכה במכרז נבחר קבלן נוסף שיהיה בהמתנה לגיבוי במידת הצורך כדי להבטיח ביצוע המשימה על פי לוח הזמנים שנקבע.
לצורך ביצוע המשימה נבנו כוחות ייעודיים המורכבים מאנשי משרד הביטחון שהנם מפקחים בעלי מקצוע, קבלנים, מפעילי ציוד מכני הנדסי על סוגיו השונים, מנופים וציוד נוסף שיידרש.
לכל ישוב נקבע "אחראי ישוב" ממשרד הביטחון שיהיה כפוף לראש חטיבה במשרד הביטחון. "אחראי הישוב" יהיה אחראי לארגון הכוחות בתוך הישוב בכל שלבי ההריסה ופינוי מרכיבי ביטחון.
הכוחות לביצוע עבודות ההריסה יתארגנו לתנועה במשטח קצא"א מערב, משם יצאו בשיירות לעבר הישובים. תנועת השיירות תתבצע בליווי חוליית שליטה צה"לית, משטרת ישראל ומשטרה צבאית. העבודה תתבצע במהלך ימי השבוע מיום א' עד יום ה', אז יצאו הכוחות למנוחת סוף שבוע.
לפני תחילת ביצוע ההריסה יבצעו צוותי כוח אדם מיוחדים מטעם קבלן ההריסה, פירוק של גגות אסבסט ופינויים לאתרים מיוחדים בשטח ישראל תוך הקפדה על תקנות המשרד לאיכות הסביבה.
חברת חשמל וחברת מקורות יבצעו ניתוק מלא של מערכות התשתית בישוב. חברת בזק וחברות הסלולאר יפרקו מתקנים חיוניים הנמצאים בישובים.
עקב הקפדה על הוראות הבטיחות, ההריסה תחל לאחר קבלת אישור בכתב מאנשי חברת החשמל על ניתוק מלא של רשת החשמל בישוב. קבלן ההריסה עצמו נדרש לוודא לפני תחילת ביצוע ההריסה שלא נשארו בטעות מיכלי גז מחוברים למבנה, שאכן מערכת החשמל נותקה ולא פועלת, ושהבית פונה מהמיטלטלין שבו, כולל מזוזות.
בדיקה נוספת תתבצע על ידי הקבלן ואחראי הישוב מטעם משרד הביטחון, על מנת לוודא שאין בתוך המבנה או בסמוך לו אנשים שעלולים להיפגע כתוצאה מהריסתו.
לצורכי תיעוד, ידאג הקבלן לצלם כל מבנה לפני ואחרי הריסתו ב - 3 זוויות צילום שונות.
פסולת ההריסות תישאר בישוב לפינוי על ידי הפלסטינים, למעט חומרים מסוכנים, דוגמת אזבסט שיטופלו על פי הנחיות המשרד לאיכות הסביבה ויובלו להטמנה בישראל.
24.8.2005 (17:30)
ישובים שנהרסו כליל-
כרם עצמונה (22 מבנים), פאת שדה (106), שליו (9), תל קטיפא (20), דוגית (28), רפיח ים (59), מורג (66), גנים (77), כפר ים ושירת ים (בזו האחרונה היו מבנים מצריים שלא הרסנו. הרסנו רק 2 מבנים ישראליים),גני טל (107).
עבודות הריסה מתבצעות בישובים הבאים-
ניסנית (205 מתוך 240), גדיד (20 מתוך 137), נצר חזני (35 מתוך 150), בדולח (93 מתוך 108), כדים (22 מתוך 56) ואלי סיני.
פינוי הריסות
מסמך ההבנות שנחתם ב-23-24 באוגוסט 2005 בין ישראל לרשות הפלסטינית בנושא תהליך ההריסה והפינוי של מבני המגורים ומבנים אחרים בהתיישבות הישראלית ברצועת עזה מגדיר את העקרונות לפיהם יתבצע תהליך ההריסה והפינוי.
במסמך נקבע כי:
משרד הביטחון יבצע הריסה מלאה של מבני המגורים ומבנים מסוימים בישובים בהתאם להחלטת הממשלה בנושא
פסולת הבניין שתווצר כתוצאה מן ההריסה תמויין. חלק בו ניתן לעשות שימוש חוזר יועבר לידי הפלסטינים והחלק האחר שאיננו בר שימוש, יפונה בהתאם לעקרונות בינלאומיים מוכרים של איכות הסביבה, למיקום במדינה שלישית
הפרוייקט ינוהל ע"י חברת ניהול בינלאומית שתשכור קבלנים מקומיים לצורך ביצועו
כלל הפעולות תבוצענה תוך עמידה בתקני בטיחות ואיכות סביבה מקובלים, לרבות פינוי חומרים המסוכנים לאתרי הטמנה בשטח ישראל
ישראל תשא בכל העלויות לביצוע הפרוייקט. הניהול הכספי של הפרוייקט יהיה באחריות קרן נאמנות של הבנק העולמי בה יופקדו ע"י ישראל הכספים הנדרשים
לאחר מילוי התחייבויותיה על פי ההסכם (פינוי חומרים מסוכנים והסכמה להפקיד את הכספים הנדרשים בקרן) תסיר ישראל מעצמה אחריות למבנים ולמתקנים בשטח המפונה והרש"פ תיטול על עצמה האחריות והשליטה בשטח שפונה