תכולת 26 בתי הכנסת תארז על ידי צוותים מקצועיים שילוו על ידי אנשי משרד הדתות ואנשי הרבנות הצבאית.
אנשי מקצוע ובכללם נגרים וחשמלאים יפנו את תכולת בתי הכנסת במלואה, יפרקו את ארונות הקודש, שלטי ההנצחה, נברשות וכל אלמנט אחר המזהה את המקום כבית כנסת.
צוותים של הרבנות הצבאית יארזו את ספרי התורה, יצלמו אותם טרם האריזה ויעבירו אותם למשמורת בבסיס הרבנות הצבאית. ספרי קודש יארזו אף הם וישארו באחסנה.
על פי החלטת בג"ץ מיום 16/8 שדנה בעתירה שלא להרוס את בתי הכנסת שבגוש קטיף, יבחנו
אפשרויות שונות לפתרון הנושא.
בין היתר נדרשה המדינה לבחון אפשרות לפירוק חלקים מבתי הכנסת ולבנותם בעתיד מחדש.
30.8.2005
משרד הביטחון השלים את פינוי תכולת בתי הכנסת ויפעל בהתאם להחלטה שתתקבל.
11.9.2005
בדיון ממשלה שהתקיים ביום 11 בספטמבר 2005 הוחלט ברוב גדול להשאיר 19 בתי כנסת בגוש קטיף על כנם. במסגרת ההחלטה סוכם על העתקת ששה בתי כנסת שהנם מבנים יבילים והריסת ששה מבנים אחרים, זאת לאחר שתכולת כל בתי הכנסת הוצאה במלואה ובכלל זאת תשמישי קדושה, הריהוט, ויטראז'ים וכל סממן אחר שהעיד על כך שהמבנה שימש כבית כנסת.