האגף מופקד על ביצוע מדיניות שר הביטחון בנושא ההתיישבות הביטחונית והכוונת הנוער להתיישבות ולביטחון וכן על משימות לאומיות, במיוחד לגבי נוער לפני גיוס.
האגף מופקד על יישום צו שירות הביטחון (קביעת שירות מוכר לפי סעיף 26 י"ח לחוק) התשנ"ו 1996 (השאלת חיילים לגופים מוכרים מחוץ לצה"ל).
האגף מטפל בכל התחומים הקשורים בנושאי הנוער והנח"ל, לרבות מגעים בתחום זה עם זרמי ההתיישבות, תנועות וקבוצות נוער, מוסדות מיישבים וגופים ממשלתיים וציבוריים - תוך תיאום עם המטה הכללי, והגופים בצה"ל המופקדים על נושאי הנוער והנח"ל.
האגף פועל בתיאום עם גורמי הנח"ל והגדנ"ע בצה"ל, משרדי החינוך, רשויות מקומיות, בתי ספר, תנועות נוער ומשרד העבודה.
ייעודו של גוף זה הוא: הגברת המוטיבציה להכנה לצה"ל, להטמעת ערכים ולאהבת הארץ.
- פרויקט "בעקבות לוחמים"
- פעילות "חייל יום אחד"
- יום לקראת שירות
- שבוע גדנ"ע
- מועדוני קליעה
- גדנ"ע מזרחנים
- גדנ"ע חובלים וצלילה
- חוגי גדנ"ע אוויר
- גדנ"ע הייטק
- חוגי גדנ"ע בכושר
- פעילות לבני נוער דרוזי, צ'רקסי ובדואי בנושא הכנה לצה"ל.