מינהלות התוכניות הן מסגרות ארגוניות לניהול פרויקטים מרכזיים, הפועלות במתכונת של גופים עצמאיים כגון: מינהלת תוכנית "המרכבה", או גופים משולבים בתוך מפא"ת כגון: מינהלת תכנית "חומה" (טיל ה"חץ" ומערכותיו).
למימוש יעודה מפעילה כל אחת מהמינהלות, עובדים בתחומים: מבצעי - הנדסי, כלכלי וניהולי, ומרוכזות בה סמכויות המאפשרות ניהול הפרויקט ביעילות.
"מינהלת תוכנית", מוקמת כאשר הפרויקט מאופיין בהיקף כספי גדול, מורכבות רבה, צורך בתשתיות והפריסה היא על פני זמן רב יחסית.
במינהלות התוכניות עובדים אזרחים (עובדי משהב"ט) במשולב עם קציני צה"ל.
נציג בהמשך מינהלות תוכנית בתחומי התשתיות וההקמה. המינהלות האחרות במשרד הם בתחומי אמצעי הלחימה
(לדוגמה, מינהלת טיל החץ).
העברת מחנות צה"ל לנגב
מערכת הביטחון נוטלת חלק בפעילויות הממשלה לקידום ופיתוח הנגב.
התוכנית להעברת מחנות צה"ל ממרכז הארץ לנגב היא פרויקט מרכזי של משרד הביטחון וצה"ל בתחום הבניה והתשתיות.
המורכבות במימוש התוכנית רבה, ועלויותיה גבוהות יחסית. היא מחייבת תיאום מירבי של ההיבטים ההנדסיים, התקציביים והתפעוליים בתוך מערכת הביטחון ומול רשויות וגופים אזרחיים רבים,
תוך שמירת המשאב האנושי בצה"ל.
מימוש התוכנית יאפשר צימצום משמעותי של נוכחות צה"ל בערים ובמרכז הארץ, במקביל למעבר לפריפריה שייעשה כחלק מהמהלך הלאומי לחיזוק הנגב בכל תחומי החיים:
תעסוקה, מגורים, חינוך, תחבורה, קהילה ועוד. למינהלת התוכנית יש אחריות כוללת לפרוייקטים השונים הנכללים בתוכנית, משולבים בה קציני צה"ל ויש לה סמכויות ניהול ובקרה (בהקשר ליעדים, ללוחות זמנים ועלויות), וסמכויות ייצוג מול הגורמים המעורבים שמחוץ למערכת הביטחון.
ר' המינהלת כפוף לסמנכ"ל ור' אמו"ן. המינהלת – במסגרת הארגונית של אמו"ן.
הקמת הגדר הביטחונית במרחב התפר
תוכנית הקמת גדר הביטחון במרחב התפר, המתבצעת מאז קיץ 2002, נועדה להקטין את יכולת החדירה של מפגעים משטחי יהודה ושומרון.
מפגעים אלה נכללים בתוך קבוצה גדולה של שוהים בלתי חוקיים (שב"חים), העוברים משטחי יהודה ושומרון באופן בלתי חוקי לישראל, לצורכי פרנסתם.
הקמת גדר הביטחון כולה, נועדה למנוע ולסכל יציאתם של פעילי טרור ואמצעי לחימה לעורפה של מדינת ישראל, למנוע ולסכל מעבר בלתי מבוקר של הולכי רגל ומטענים,
לצמצם את הברחות אמצעי הלחימה משטח ישראל לשטחי הרשות הפלסטינית, למנוע ירי לעבר יישובים ישראליים ומתקני תשתיות חיוניים ולאכוף את שלטון החוק.
יצוין שההתקדמות בפרויקט בשנת 2007 תלויה בהחלטות בית הדין הגבוה לצדק ובתקציב שיוקצה לפרויקט.
ההיקף הכולל של הפרויקט מגיע לכ – 13-12 מיליארד שקלים.
הפרויקט כולל 780 ק"מ של גדר מתוכם 40 ק"מ של קירות מגן.
ראש המינהלה כפוף למנכ"ל משהב"ט ופועל במסגרת הארגונית של אמו"ן.