המנהל הכללי
של משהב"ט ממונה על אגפי המשרד ויחידותיו, משלחות ונציגויות
המשרד בחו"ל ויחידות הסמך של משהב"ט; מתאם ומכוון את הפעילות של
מעהב"ט האזרחית
על כל שלוחותיה.
בלשכת המנהל הכללי פועלים עוזר המנכ"ל, ושני עוזרי מנכ"ל לניהול,
המסייעים לו בניהול עבודת המטה, בתיאום הפעילות ובבקרת הביצוע.
ר' האגפים מהווים פורום קבוע של הנהלת המשרד, בראשות המנכ"ל.
גופי ההרכשה
הגופים הארגוניים בתוך משרד הביטחון המופקדים על ביצוע רכש, לסוגיו השונים,
עבור צה"ל, הם:
מינהל ההרכשה והיצור (מנה"ר).
מינהל המחקר והפיתוח (מפא"ת).
אגף מבצעים לוגיסטיים ונכסים (אמו"ן). (*)
(*) פועל כגוף רכש בעיקר בתחומי שירותים ותחבורה וכן גם כגוף רכש בתחומים מוגדרים, לצרכים הפנימיים של משהב"ט.