אמ"א מופקד על הנושאים והתחומים הבאים: יחסי עבודה ותנאי שכר של עובדי משהב"ט, יחידות הסמך ועובדי צה"ל: ניהול שוטף של כוח אדם במשהב"ט וכן ניהול המשאב האנושי בראיית צרכיו, זכויותיו ורווחתו.
ההדרכה והשתלמויות לעובדי משהב"ט; תנאי שירות של עובדי מעהב"ט בחו"ל וייצוג בפני גורמים שונים בכל הנוגע לתחומי פעילותו (משרד האוצר, נש"מ, הסתדרות, ארגוני העובדים וכד').
באגף פועלות היחידות הבאות: משאבי אנוש (כ"א), הדרכה, אזרחים עובדי צה"ל, תנאי שירות בחו"ל. בראש האגף עומד סמנכ"ל ור' אמ"א המופקד גם על תחומים נוספים: אותות ועיטורים, סמלים וטקסים, הכרת זכאות לפדויי שבי; כמו כן כפופים לסמנכ"ל ור' אמ"א : יח' המוזיאונים, ארכיון צה"ל ומעהב"ט.
אגף ארגון בקרה ומינהל (אב"ם)
הייעוד של אגף אב"ם הוא להוות גוף מרכזי במשהב"ט בנושאי ארגון, בקרה, שעת חירום ומינהל ציבורי. האגף מופקד על הנושאים הבאים: פיתוח ארגוני של משרד (גיבוש תורת הניהול, מבנים ארגוניים, שיאים ותקני כוח אדם); תכנון וקביעת תהליכי עבודה, הגדרת סמכויות, הכנת הוראות משרד הביטחון (המ"ב) ותיאום הקשר עם צה"ל בנושאי הוראות ופקודות. תכנון מערכות בקרה ניהולית; התכנית ל"ניהול איכותי" במשהב"ט; היערכות לשעת חירום במעהב"ט (אחריות מטה לפעולות התכנון, הארגון התיאום במשרד ועם גופי צה"ל, לרבות תרגילים); שכר עידוד לעובדי משהב"ט ונושאי מינהל ציבורי שונים. כמו כן מופקד האגף על הטיפול בדוחות מבקר המדינה על מעהב"ט. בראש האגף עומד סמנכ"ל ור' אגף אב"ם, אשר מופקד במשהב"ט גם על ריכוז עבודת מטה של האגפים בנושאים שונים המונחים ע"י המנכ"ל.
אגף התקציבים (את"ק)
ייעודו העיקרי הוא תכנון, ניהול ובקרה של תקציב הביטחון. האגף פועל כגוף משותף למשהב"ט ולצה"ל. ר' את"ק הוא גם היועץ הכספי לרמטכ"ל והוא כפוף במקביל למנכ"ל ולרמטכ"ל.
האגף משולב בכל תחומי עבודות המטה במעהב"ט ומייצג את המערכת מול הכנסת ומשרדי הממשלה ובמיוחד מול משרד האוצר. במספר תחומים מרכזיים, האגף ממלא פונקציות בלעדיות כמו הערכת מצב תקציבית שנתית ורב שנתית במטבע מקומי ובמטבע סיוע כבסיס לתוכניות העבודה של מעל ל - 50 גופים תקציבים במעהב"ט (זרועות צה"ל, פרויקטים מרכזיים וגופים במשהב"ט).
לאת"ק מעורבות גדולה בתהליכי קבלת ההחלטות והביצוע. את"ק מסתייע בעבודתו בכלים ממוחשבים לתכנון ובקרת התקציב. האגף עוסק גם בייעוץ והנחייה בתחום התקציב וכן בפיתוח שיטות לשיפור הניהול התקציבי ושיטות הדרכה בתחום התקציב. באגף מתבצעת בקרה ומעקב שוטפים אחרי ביצועה של תוכנית ההתקשרות במשהב"ט ובצה"ל בהתאם להוראות חוק יסודות התקציב, הסכמים עם האוצר והכנסת ובהתאם לפקודות הצבא.
אגף הכספים (אכ"ס)
בראש אכ"ס עומד חשב המשרד אשר מתמנה ע"י החשכ"ל במשרד האוצר.
אכ"ס מופקד על תכנון, ניהול וביצוע הפעילויות הכספיות של מעהב"ט בארץ ובחו"ל.
תחומי האחריות העיקריים הם: פיקוח על ביצוע תקציב הביטחון, מימון, תשלומים, גביית הכנסות, קביעת תנאים כספיים בעסקות, הסדרי אשראי והסדרים עם מוסדות פיננסיים, בדיקה, אישור וחתימה על התקשרויות של מעהב"ט, ניהול מערכת הנהלת חשבונות והפקת מאזן מאוחד, משכורות העובדים, תגמולים לזכאי אגף השיקום, נסיעות חו"ל, הכוונה מקצועית בנושאי כספים ותכנון שיטות חשבונאיות.
ההיערכות הארגונית העיקרית של אכ"ס היא במסגרות ארגוניות מודולאריות (חטיבות, מערכות ומחלקות) הפועלות במקביל לדרגי הביצוע של הגופים הרוכשים והמתקשרים במשרד.
אכ"ס גם ערוך מול נושאים מרכזיים, כגון: הנהלת חשבונות מרכזית, מימון, גבייה ותשלומים.
תשלומים מקוונים
