בסיום ההכשרה ניתנת אפשרות לחניכים המעוניינים בכך, לבצע תפקיד קרבי / מבצעי. אפשרות זו ניתנת כחלק מתפישתה של תכנית תלפיות, לפיה ניסיון מבצעי תורם רבות לאנשי מחקר ופיתוח במערכת הביטחון.
בוגרי התכנית שבחרו במסלול זה בעבר שובצו בתפקידים במרבית חילות השדה (חי"ר, שריון, תותחנים, הנדסה) וביחידות התנדבותיות מובחרות (סיירות, קורס טיס וקורס חובלים). לאחר שירות של מספר שנים ביחידות אלה, חוזרים הבוגרים לעסוק במחקר ופיתוח.
המסלול הקרבי/מבצעי מותאם לחניכים במהלך שנת ההכשרה השלישית, עפ"י העדפותיהם, צרכי המערכת והתאמתם לדרישות היחידות השונות.